Kierowca może zmieniać biegi ręcznie za pomocą manetek pod kierownicą - teraz wykonanych z magnezu - albo włączyć tryb w pełni automatyczny. W każdym z tych trybów działają dwa mokre sprzęgła - po jednym dla biegów parzystych i nieparzystych - dzięki czemu następny bieg jest już wstępnie ustawiony i może być załączony błyskawicznie. Przy redukcji następuje automatyczne chwilowe uchylenie przepustnicy, aby precyzyjnie zsynchronizować prędkość obrotową silnika i zapewnić jeszcze więcej przyjemności z jazdy.
W trybie manualnym manetki umożliwiają bardzo szybką zmianę przełożenia, a tym samym płynne i dynamiczne przyspieszanie bez spadku ciśnienia turbodoładowania. W skrzyni biegów zastosowano potrójne stożkowe synchronizatory Borg-Warner.
W trybie manualnym kierowca może włączyć dodatkowy tryb R, który jeszcze bardziej przyspiesza zmianę przełożeń. Na podstawie danych o otwarciu przepustnicy, prędkości pojazdu, pracy układu hamulcowego i innych informacji komputer „przewiduje", jaki bieg zamierza za chwilę włączyć kierowca.
W trybie automatycznym zmiany biegów następują pod kątem maksymalnego ograniczenia spalania. W miarę możliwości włączane są najwyższe biegi, na co pozwala długa i płaska krzywa momentu obrotowego. Nawet przy długotrwałej jeździe na „szóstce" z niską prędkością samochód pozostaje elastyczny. Taka „uległa" charakterystyka jest rzadko spotykana wśród konkurencyjnych supersamochodów i stanowi o unikatowości zastosowanych rozwiązań technicznych.
W GT-R na rok 2011 wprowadzono także nowy tryb pracy układu przeniesienia napędu SAVE, przeznaczony do codziennej jazdy po autostradach i zwykłych drogach, kiedy kierowca nie musi maksymalnie wykorzystywać osiągów pojazdu. W trybie SAVE silnik pracuje z mniejszym momentem obrotowym, a zmiana biegów jest dostosowana do spokojniejszej i bardziej ekonomicznej jazdy.
Układ Hill Start Assist chwilowo przytrzymujący hamulce przydaje się przy ruszeniu na wzniesieniu, zapobiegając stoczeniu się pojazdu kiedy kierowca przenosi stopę z pedału hamulca na pedał przyspieszenia. Manewrowanie z niską prędkością ułatwia tryb napędu na dwa koła. Kiedy koło kierownicy jest obrócone o połowę zakresu, a prędkość nie przekracza 10 km/h, przedni napęd jest odłączany w celu ułatwienia parkowania i innych manewrów.
Napęd na cztery koła. GT-R jest wyposażony w jeden z najbardziej zaawansowanych układów napędu na cztery koła stosowanych w samochodach produkowanych seryjnie. Taki napęd gwarantuje niezrównane właściwości jezdne i precyzję prowadzenia. W skład systemu wchodzi niezależny zamontowany z tyłu układ transaxle zawierający mechanizm przeniesienia napędu, skrzynię przekładniową i mechanizm różnicowy o ograniczonym poślizgu zintegrowane w jednym kompaktowym module osadzonym niezależnie na gumowych poduszkach. Przesunięcie zespołu przeniesienia napędu do tyłu zapewnia idealny rozkład mas w GT-R i więcej miejsca na nogi dla kierowcy i pasażera.
