Elektroniczny system kontroli jest całkowicie automatyczny, oferuje dwa tryby: D (Drive) i S (Sport). Alternatywnie, kierowca może sam zmieniać biegi, również za pomocą dostępnych opcjonalnie łopatek przy kierownicy.
W przypadku ośmiobiegowej przekładni tiptronic mamy do czynienia z klasycznym automatem z hydrokinetycznym przekładnikiem momentu obrotowego. W porównaniu z sześciobiegową skrzynią tiptronic montowaną w poprzednim modelu, obniża on zużycie paliwa o około sześć procent. Zespoły kół zębatych i elementy włączające zostały opracowane od nowa, co pozwoliło utrzymać kompaktowe wymiary przekładni. Wszystkie zmiany biegów następują miękko, spontanicznie, szybko i bardzo płynnie.
Sprzęgło mostkujące przekładnika hydrokinetycznego mocno przyczynia się do wzrostu efektywności. Podczas normalnej jazdy łączy ono skrzynię biegów bezpośrednio z silnikiem. W niektórych warunkach jazdy pracuje z regulowanym ślizgiem – pozwala to, we współpracy ze zintegrowanym absorberem drgań, na bardzo niskie obroty bez występowania wibracji. Gdy A6 allroad quattro stoi, skrzynia biegów jest odłączona od silnika. Dynamiczny program zmiany biegów DSP oferuje tryby pracy D i S, jak również możliwość manualnej zmiany biegów.
Permanentny napęd na cztery koła quattro pracuje czysto mechanicznie i dzięki temu reaguje natychmiast. Samoblokujący, umieszczony centralnie mechanizm różnicowy kieruje 60 procent momentu obrotowego na oś tylną, a 40 procent na oś przednią – to sportowa charakterystyka. Gdy na jednym z kół występuje poślizg, większa część momentu napędowego jest błyskawicznie przekazywana na drugą oś. Do 70 procent siły napędowej może przepływać do osi przedniej, do 85 procent do osi tylnej.
Napęd quattro ściśle współpracuje z selektywnym sterowaniem rozdziałem momentu na poszczególne koła. Inteligentne oprogramowanie rozpoznaje sytuacje i reaguje, gdy jednemu z kół wewnętrznych, podczas szybkiej jazdy na zakrętach, grozi utrata przyczepności. W tym przypadku koło zostaje bardzo lekko przyhamowane, praktycznie niezauważalnie – w ten sposób prowadzenie jest jeszcze płynniejsze.
Na życzenie, Audi dostarcza do wszystkich silników sportowy mechanizm różnicowy – podczas dynamicznej jazdy rozdziela on moc między koła tylnej osi w sposób aktywny, za pomocą dwóch planetarnych przekładni przyspieszających. Podczas szybkiej jazdy na zakrętach, system dokładnie wprowadza A6 allroad quattro w promień zakrętu. Jego elektroniczna regulacja jest zintegrowana z systemem regulacji dynamiki jazdy Audi drive select.
Jeśli w samochodzie zamontowany jest sportowy mechanizm różnicowy, to selektywne sterowanie rozdziałem momentu na poszczególne koła działa tylko na koła przednie.
